登莱巡抚袁可立与孙承宗同为殿试同考官，孙承宗将辽海防务委之于袁可立，十分倚重，他说道：“读后先大疏，皎皎揭日月，行中天而底里洞彻，殊令人可味，可展布四体，仰酬国恩”。朝廷有人重山海轻沿海，甚至有人请求裁撤登莱巡抚，但孙承宗认为“恢辽全着，必资于海。”请求“皇上敕该部分部两镇汛地，酌给登镇（沈有容）兵丁，敕登莱抚臣（袁可立）用心料理，仍令节制两镇，凡一应兵马钱粮、徵收调遣、防剿功罪尽归经理。”
熹宗经常派东厂的人到关门，然后将边关的事情上报给朝廷，魏忠贤掌权后派遣自己的党羽刘朝、胡良辅、纪用等四十五人带着数万武器装备来到关门，供给边关军队，又用白金十万，蟒、麒麟、狮子、虎、豹等银币赏赐将士，赐给孙承宗蟒服、白金等，表面上是慰劳军队，实际上是窥探军情。孙承宗出关巡视宁远，听到这个消息立刻上书给熹宗，说不能让宦官监军，但熹宗却回复说这没什么，使者到边关后，孙承宗只用茶水招待。
孙承宗推荐阎鸣泰当辽东巡抚以后，认为他没有实际才能，所以军事上的事很多都不跟他商议，阎鸣泰因此感到不高兴，朝廷议论后，将阎鸣泰罢免，用张凤翼接替，但张凤翼胆小，又主张退守山海关。孙承宗对此感到不高兴，出关巡视宁远，召集众将开会，多数将领都想退守山海关，马世龙建议守中后所，袁崇焕等主张守宁远。孙承宗采用袁崇焕的主张，于是让祖大寿修建防御工事，令袁崇焕、满桂驻守宁远。
孙承宗担心自己的权利受到限制，上书说督师和总督不能同时设立，请求将自己罢免。熹宗于是终止总督的推选，令辽东巡抚移驻宁远，张凤翼觉得这是置自己于死地，与万有孚等诋毁马世龙。没过多久，万有孚被蓟州巡抚岳和声弹劾，张凤翼于是称马世龙和袁崇焕陷害，捏造谎话欺瞒朝廷，试图阻挠出关的计划。给事中解学龙也大力陈说马世龙的罪过，孙承宗非常生气，上书说边关的防守策略，说宁远、觉华不能放弃，并为马世龙辩解，又揭发万有孚与张凤翼等勾结的罪状。
宁远城修复，关外的守备器械也已建造完毕，孙承宗上书请求发军饷二十四万，这样就可以大举进攻了，但兵部和工部却横加阻挠，向熹宗说不能给钱，孙承宗上书催促无果，孙承宗大军因此没有出征。
孙承宗坐镇辽东的四年，与天津巡抚李邦华、登莱巡抚袁可立遥相呼应，“关门息警，中朝宴然，不复以边事为虑矣。”在这样相对安定的大背景下，按照战功来衡量，似乎孙承宗有些碌碌无为。然当时的兵部尚书王永光对孙承宗积极防御的一番作为作过很中肯的评价：“兵家有云，善战者，无赫赫之功！”
两年下来，孙阁老和袁军门一直没有发动大战役的机会，而发动战略总反攻把后金赶出去的机会又不成熟。但反过来说，孙阁老在无形中为朝廷省下了许多军费，确保了山海关安然无恙，使明朝有了更多的机会养精蓄锐，充分显示了天朝的不战之威。”首辅孔贞运评价道：“公久历海上，凡地形险易，军储盈缩，将吏能否，虏情向背皆洞若烛照，故登莱终公（袁可立）之任销锋卧鼓。”这也从另一方面肯定了孙承宗和袁可立积极防御之功。令人惋惜的是，正当孙、袁二公积数年之力准备大有作为组织大反攻之时，阉党已全面掌控局势，逼迫袁可立和孙承宗先后去职。
孙承宗与袁可立是很好的搭档，但从后来柳河之役的失败来看，袁可立的离任对孙承宗的军事行动有很大的影响。从战争结果看，袁可立的实战能力更强，在登莱缺粮少援的弱势状态下，竟然能在数月内组合优势兵力纵横海上，战线绵延上千里，调度两镇兵马多次奇兵突袭，以反间计策反后金女婿刘爱塔，连克金、复、盖三卫及旅顺、红嘴、望海、永宁等多堡要地，使后金数年间蜷缩一隅无以西窥。袁可立的登莱战区竟然成为了明清战争史上唯一主动出击叫战的正面战场，袁可立离任不久，孙承宗也因为柳河之败离职了。
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此时，魏忠贤企图揽权，见到孙承宗功劳非常高，想要攀附，派刘应坤向孙承宗表明自己的意思，但孙承宗见到刘应坤之后与他一句话也不说，魏忠贤因此记恨孙承宗。魏忠贤迫害朝中大臣，将杨涟、赵南星、高攀龙等驱逐出京，孙承宗正在巡视蓟州一带，想到上反对奏书皇上未必会亲自阅览，以贺寿为由请求入朝面奏，借机弹劾魏忠贤。魏广微听说后，将这个消息告诉了魏忠贤，说孙承宗打算以清君侧为由杀掉魏忠贤，魏忠贤跑到熹宗床前，哭着求情，顾秉谦也说没有圣旨私自离开防守的地方，不合法度。
熹宗连夜召见兵部尚书，派三人骑快马阻止孙承宗，魏忠贤又假传圣旨给九门的宦官，若孙承宗到了齐化门，就将他绑了。孙承宗到达通州后，接到熹宗的旨意，只好返回辽东，魏忠贤又让党羽李蕃、崔呈秀、徐大化上书诋毁孙承宗，孙承宗请求罢官。
给事中郭兴治请求朝中大臣讨论孙承宗的去留问题，很多人都弹劾孙承宗说他冒领军饷，而吏部尚书崔景荣支持孙承宗，熹宗下诏让孙承宗继续督师辽东，却让孙承宗精兵简将，减少军饷。而孙承宗刚刚派遣诸将分别驻守锦州、大小凌河、松山、杏山、石屯等地，扩张二百里，将尤世禄、李秉诚等将罢免，裁剪军队一万七千人，节省开支六十八万。孙承宗利用自己稳扎稳打的策略逐渐向前推进，努尔哈赤慑于孙承宗的威力，竟然舍弃了新都城辽阳，北迁首都于沈阳。
这时，有人怀疑孙承宗的堡垒战术过于劳民伤财，不可久持。兵科给事中李鲁生言：“从古征战未有陈师境上数年不进者，亦未有去敌既远虚设十余万之众坐食自困者，有之则守戍之众而非进取之旅也。战守机宜专决于外，臣何敢遥度。但战则有战法，秣马厉兵，简卒克乘，刻期举事，即有大费，可期永省。守则有守法，远斥堠，固营垒，高城深池，屯田积谷，以待事会。兵不须众，马不须多，庶堪持久。今以十四万之众，岁费六百万，虽言唯敌是求，其实百事不办，战固未能，守亦羞称，虚糜自弊而不虞其后，臣所为中夜彷徨，当食废着也。枢辅当审时度势，知彼量己。可战则用战法，可守则用守法。”