李子通灭沈法兴后势力又有所恢复，为永绝后患，杜伏威派王雄诞进攻李子通。李领精兵据守独松岭与王相持，王看出李色厉内荏，派人多造旗鼓，夜间则虚设灯火，尽力制造数十万大军的假象。可能是上次被夜袭留下了严重的心理阴影，李子通草木皆兵之下，居然自行烧了营帐，连夜全军撤退。王追击到杭州城下，李部崩溃，李子通穷蹙投降，被杜伏威献俘给李渊，就此被软禁在长安。

消灭李子通后，杜伏威又派王雄诞进攻江淮间其他独立势力，这时杜已是江淮霸主，其老板李渊更已经消灭大敌王世充、窦建德，天下大势已定，因此各势力如汪华、闻人遂安等纷纷投降，杜伏威完成了江淮的统一，尽有淮南江东之地。

李世民率部平定窦建德余部刘黑闼和徐元朗，徐的地盘与杜伏威接壤，李世民借攻击徐圆朗之机，陈兵杜伏威境上耀武扬威。当此之时，隋末蜂起的各路反王大多已经烟消云散，梁师都、高开道、徐圆朗之辈或僻处边疆，或灭亡在即，还能对李唐构成威胁的就是杜伏威了。

杜伏威自然明白李世民的用意，心中十分不安，担心成为李唐下一个进攻目标，为免嫌疑，索性上书李渊，请求入朝，李渊收到报告后自然高兴，批准杜伏威入朝，于是将江淮军交给义子王雄诞，自己带了少数亲信到长安朝见李渊。杜伏威的主动献忠心让李渊很是满意，同时也是为了在天下人面前做个样子，李渊加封杜伏威为太子太保，位在齐王元吉之上，仅次于李渊、李建成、李世民三人，为大唐第四号人物。

这时在长安受到软禁的还有一个人，那就是当年的吴国皇帝李子通。李子通看到杜伏威为羁縻于长安，李子通料想江淮军没了首领，江淮的局势一定不稳，自己正可趁此良机回去混水摸鱼，集合旧部东山再起。李子通此人待下宽厚，能得士卒之心，如果让他逃回去，也许真能东山再起，可惜的是李逃到蓝田关时不幸被守关士兵发现，束手就擒后又被押回长安。李渊这次没再手下留情，给了李子通与李密相同的下场。

果然如李子通所料，杜伏威离开后，江淮军出了大乱子，当年创立江淮军时，最高领袖是杜伏威和辅公祏两个人，二人自幼为友，长大后又共同起义打天下，号称刎颈之交，辅比杜年长，杜就称辅为兄，军中称辅公佑为“辅伯”，辅的地位与杜相当。但随着势力的壮大，在权力的引诱下两人的友谊终于出现了裂痕，杜伏威认为辅公祏的地位过高影响了他的领导权，因此杜夺了辅的兵权，只让他担任位高而无权的仆射一职。辅公祏对此心中不平，于是借口与故友左游仙学神仙术，主动退出权力之争，平时不理政务。杜伏威临去长安时，将政务交给辅公祏，而将军务交给了自己的心腹义子王雄诞，同时秘令王监视辅。

辅公祏毕竟不是甘心雌伏的人，杜伏威一走，他就和左游仙密谋发动兵变，辅公祏的障碍就是王雄诞，王雄诞是杜伏威的义子和最宠爱的大将，绝对忠于杜伏威，王雄诞手握江淮军军权，不除掉他兵变就不可能成功。辅于是使出反间计，伪造了杜伏威的笔迹写信给王雄诞，信中无缘无故地责备王雄诞有贰心，王雄诞在战场上是有勇有谋的良将，但讲到政治斗争就不是对手了，收信后王非常伤心，就此托病在家不再沾手军务，大概是想以实际行动向杜伏威证明自己的忠心耿耿绝无贰心。

王雄诞的行为正中辅公祏下怀，就势接管了江淮军，又伪造了杜伏威密令，说在长安受到虐待，要辅公祏起兵造反。以辅公祏在江淮军中的号召力，加上又有杜伏威的伪造密令，兵变非常顺利，江淮军宣布脱离李唐重新独立，辅公祏自称皇帝，国号宋，以左游仙为兵部尚书。直到辅公祏派人到王雄诞家中劝王雄诞归顺，王雄诞才终于明白自己上当受骗，但大势已去，已无法阻止，王雄诞尽忠于杜伏威，严词拒绝了辅公祏的劝降，被辅公祏杀害。后来李渊和李世民感于王雄诞的忠心，封了王的儿子为郡公，其子后来做到安西大都护。

自己的旧部造反，杜伏威在长安的日子自然可以想象，历史中倒也没有记载李渊是否因此而怪罪或处分杜伏威，但寄人篱下如坐针毡的滋味，恐怕是免不了的。杜伏威在长安暴卒，死因不明，据《新唐书》记载是杜伏威好长生药，误服云母中毒而死，只怕中毒是有的，但如何中的毒就很难说了。

唐军兵强将勇，辅公祏连吃败仗，最后被处以死刑，大概是不甘心一个人上路，辅公祏向唐军主帅李孝恭，揭发杜伏威才是谋反主谋，有密令为证，就是这回来的阚陵也是谋反中人。李孝恭随即禀报李渊，说发现杜伏威才是谋反的幕后主谋，人证物证俱全，于是李渊动手剥夺了杜伏威的官职爵位并籍没其家眷。秦王李世民即位，知道杜伏威和阚陵惨遭诬陷，为二人平反恢复名誉，以吴国公之礼下葬杜伏威，其子继国承家，部将樊义监护丧事。