前蜀灭掉之后，郭崇韬的命运并没有好转，反而朝着更坏的方向发展了。由于灭蜀基本上是他一个人在谋划指挥，军事战略就不用说了，就是平定之后所有的政事也是郭崇韬来管理，旧将的招抚，官吏的设置，军队与朝廷的奏报往来都是经他之手，而李存勖的儿子魏王李继岌却被冷落了。李继岌并没有什么野心，再加上年轻，所以和郭崇韬也没什么冲突，但李继岌身边的宦官们却是一帮贪财的小人，见郭崇韬的门前车水马龙，送礼巴结的人络绎不绝，自己却没有机会捞到一点油水，就千方百计地在李继岌面前挑拨是非，陷害郭崇韬。
郭崇韬本人的做法，也有些不太注意，他毫不避讳地住进了降将王宗弼的家里，王宗弼也是个钻营的小人，前蜀后主王衍投降后，王宗弼便将宫中的珍宝财物，全部弄到自己的家里，等郭崇韬到了后，他便挑选王衍的姬妾和珍宝供奉郭崇韬，然后请求郭崇韬任命他为蜀地镇守长官，郭崇韬答应保举他，其实这也是为了安抚他这样的降将，因为郭崇韬出兵之前已经向李存勖推荐了孟知祥。
在前蜀投降之初，魏王李继岌派人向王衍要犒赏军队的钱，王衍却推托不交，使李继岌非常生气。和后来其他的事比较一下，不难发现这其实也是宦官们想捞钱的一个借口。等魏王进城之后，治他的不忠之罪，将他和儿子一同斩首，这件事使郭崇韬和李继岌开始产生了矛盾。而且，王宗弼在向郭崇韬请求蜀地长官的同时，又联合其他人写请愿书，要求郭崇韬为蜀地长官，李继岌看后，对郭崇韬说：“皇上最器重您了，怎么会让元老功臣留在边远之地呢？况且我也没有权力做主。”宦官李从袭却拿这件事大做文章：“郭公在收蜀地旧将的人心，图谋不轨，大王要时刻防备才是。”在宦官的挑拨下，李继岌和郭崇韬的矛盾逐渐加深。
李从袭这时派宦官向延嗣带诏书到达蜀地，命郭崇韬班师回朝，但郭崇韬在向延嗣到的时候没有按照礼节去郊外迎接，可能是因为他平时就对宦官有矛盾吧，但这正好给宦官们诬陷他制造了借口，如果郭崇韬考虑周全一些，即使做些表面文章，装装讨好的样子，也不会最后落个父子几个被杀的悲剧性的结局。向延嗣对郭崇韬没有迎接他气愤不已，李从袭也趁机对他说：“魏王贵为太子，但郭公却独掌大权，不把魏王放在眼里。昨天刚令人向魏王请求自己做蜀地的长官，他的儿子郭廷诲更是拥众来往，狂妄至极，穿戴做派像王爷一样。和蜀中的豪富奸人们整天狎妓作乐，不分昼夜。军中的将领也全是郭崇韬一党的，魏王一人没什么力量制约自保，万一命郭崇韬班师，恐怕会生祸乱，那我们就不知陈尸暴骨于何处了。”说完，两人相对流泪。
向延嗣回去之后，更是添油加醋地挑拨一番，吓得刘皇后哭着请求李从袭想办法保全儿子李继岌，李存勖又看了看蜀地的报告书，不满地说：“人们都说蜀地金银珠宝不计其数，怎么蜀地进奉的这么少呢？”向延嗣趁机说道：“臣问过很多蜀人，都说蜀地的珍宝都进了郭崇韬的府内，还说郭崇韬捞到黄金上万两，白银四十万两，名马有一千匹，还有王衍的美姬六十，乐工一百犀玉宝带一百条。他的儿子郭廷诲也有金银十万两之多，绝色的艺妓七十，其他的财物也是应有尽有。而魏王府却只得到几匹马而已。”李存勖最初听说郭崇韬想要留在蜀地时便有点不快，现在又听说他把蜀地所有的珍宝艺妓和乐工都弄进自己的府里，不由得怒容满面，马上命宦官马彦圭火速赶往蜀地去调查郭崇韬是否班师，如班师则已，假如有意推迟逗留，就和李继岌除掉他。
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马彦圭估计也和其他宦官一样对郭崇韬素有矛盾，便阴险地到刘皇后那里说：“祸乱如果发生，就在瞬间，怎么会有时间在数千里之外再请求圣上降旨呢？”刘皇后一听就慌了，又去找李存勖说，李存勖这时还没有昏庸到透顶的地步，他说：“还没有了解事情的真相，怎么能下明确的命令呢？”这个误国的刘皇后见李存勖不肯下令杀郭崇韬，便自己写了一道教令，让马彦圭交给李继岌，让他先动手杀掉郭崇韬。
郭崇韬班师稍微迟了一些，这并不是因为他有异心，而是蜀地刚刚平定，山林之中盗贼很多，而孟知祥又没有到任，郭崇韬便派将分路去招抚各地，他怕一旦班师之后，地方会再发生混乱，没想到这给马彦圭当成了借口。
马彦圭到达后，郭崇韬已经定下了出发班师的日期，而且安排了留守等待孟知祥到任的将领，部署完了的时候，灾难也就来临了。马彦圭交给李继岌刘皇后的教令，李继岌说：“军队将发，郭公又没有其他过错，我怎么能做这种负心之事？你不要再说了！”李从袭等人痛哭流涕地说：“圣上既然有口谕，大王如果不当机立断，万一中途机密泄露，我们就没命了。”李继岌说：“圣上没有正式诏书，单凭皇后的教令怎么能杀朝廷大臣！”李从袭见李继岌不肯听从，又故意制造事端使郭崇韬得罪李继岌，然后再进行挑拨，李继岌毕竟年轻没有经验，不由得就站在了他们一边。
李从袭以李继岌的名义召郭崇韬议事，李继岌则上楼躲开，等郭崇韬进来后，左右的伏兵出来用铁楇打死了郭崇韬。他的五个儿子也被杀，其中两个死在蜀地，另外三个被杀于其他地方，家产被全部没收。等到后唐明宗继位后，才下诏让郭崇韬归葬故乡，赐还太原的旧有家产。
郭崇韬对于李克用和李存勖父子他忠贞无二，而且屡建奇功，其他人难有比过他的，西平蜀地，更是功高盖世。