李治登临大宝，史称唐高宗。

公元654年，夏天，李治跑到陈仓（宝鸡）万年宫避暑，薛仁贵随驾护卫，镇守玄武门。

没错，这万年宫也有一个玄武门。

适逢天降大雨，山洪爆发，大水淹没了万年宫，许多士兵纷纷逃散。

薛仁贵见状大怒，斥责那些人，身为宿卫却不顾天子危险，只顾逃命。

接着，他赶紧冲到内宫，拍打宫门，叫醒了熟睡的李治，不久，大水淹没了李治的寝宫。

李治因薛仁贵的提醒而无恙，事后，他十分感动，赏赐了薛仁贵一匹宝马。

公元657年，李治派遣灭三国的名将苏定方征讨西突厥叛将阿史那贺鲁。

薛仁贵上书建议要师出有名，泥熟部和贺鲁部有矛盾，大唐俘虏了许多贺鲁部的人，里面就混着不少的早先被贺鲁俘获的泥熟人，所以，应该将这部分放回去，并且大肆宣扬贺鲁部的贼寇行径。

李治听从了薛仁贵的建议，放了那些泥熟人，泥熟人感激，纷纷跟着唐军一起作战。

公元658年，薛仁贵以副将跟随程名振在贵端城（辽宁浑河）打败高句丽军，斩首三千余人。

公元659年，薛仁贵又同梁建方、契必何力等将领一起，在横山大战高丽大将温沙门。

战斗中，薛仁贵异常勇猛，手持弓箭，箭无虚发！

不久，他又在石城与高句丽军大战，当时，高句丽军之中有一将领弓箭本事很厉害，一连射死了十几个唐兵。

薛仁贵大怒，直接冲过去，将这家伙给生擒了。

十二月，薛仁贵在黑山大败契丹，并生擒契丹王阿卜固。

薛仁贵因功升左武卫将军，封县男。】