在明朝末年，王二与种光道这两位地地道道的农民，因不堪官府的压迫与生活的困顿，率先打响了农民起义的第一枪。

朱少龙穿越过来当皇帝的今日，尽管陕西地区的农民起义尚未爆发，朱由校的仁慈，并未将他们二人置于死地。

王二被高薪录用为反贪部门的公务员，这实乃再合适不过的人选。他内心深处对贪官污吏的憎恶，使其成为反贪的得力干将。

相较农民的微薄收入，明朝公务员的薪资丰厚是农民收入的十倍有余，这使得王二得以拥有稳定的经济来源，无需再因生活所迫而选择起义。

在朱由校的英明领导下，明朝的吏治得到了整顿与匡正。如今的朝廷，已不再是昔日那般腐败无能，而是让百姓能够安居乐业，生活得到温饱保障的清明之治，并且治理出了有史以来最良好的治安环境。在古代，如此稳定的社会环境与个人生活条件，使老百姓不再有冒死造反的必要。

此外，朱由校还重启了明朝下西洋的海外贸易政策。种光道被高薪聘请，随同下西洋的船队开展海外贸易，为明朝带来了大量的财富。他的加入，无疑为明朝的经济繁荣注入了新的活力。

至于，怎样处理陕西巡抚乔应甲。朱由校在没有穿越之前，他读历史非常熟悉乔应甲：

乔应甲，字汝俊，号儆我，生于山西猗氏（今临猗）张嵩村，生于1559年，逝于1627年。在明朝末年，他担任了多个官职，并在天启五年荣任陕西巡抚。作为一位名扬朝野的廉吏和政治改革家，他的生平事迹颇具传颂价值。

在公元1625年，也就是天启五年，乔应甲被调任为陕西的巡抚并兼任御史大夫。他严格搜查并整顿了陕西官府的财政，清除了陕西积压的财务问题，警告并纠正了官场中的不正之风，坚决杜绝了官场的贿赂行为。他的这些举措使得陕西的官场风气得到了明显的改善，变得清正廉洁。

乔应甲还曾主持公道，将欺压鱼肉百姓的国舅曹应祥依法惩处，使其受到应有的惩罚。这一举动使得百姓们纷纷称赞，感到非常痛快。乔应甲的正义行为，不仅让陕西的官场风气得以净化，也使得百姓们的生活得到了实质性的改善。

乔应甲在任陕西巡抚之时，恰逢陕北及关中地区遭受罕见的旱灾与蝗灾，百姓生活陷入水深火热之中。然而，他的应对之策却未能得到民心。

据史书记载，乔应甲不仅未有减免租赋、赈济灾民之举，反而奉朝廷之命，增派赋役，加重了百姓的负担。这种严苛的政策使得民不聊生，终致王二起义的火种被点燃。

王二联合种光道等人，聚集了无数因灾荒而走投无路的灾民，在白水县高举义旗，公开反抗明朝的统治。这一事件无疑与乔应甲的治理政策有着千丝万缕的联系。

在王二起义的风云之际，乔应甲的职位——陕西巡抚，毋庸置疑。他的政策决策对当时的社会稳定和百姓生活产生了深远的影响，最终间接促成了这场历史性的农民起义爆发。

朱由校并未对乔应甲痛下杀手。对于清官的处置，他始终保持了审慎的态度。历史中，乔应甲曾因轻率决策，导致加收陕西农民重税，致使民生疾苦，最终引发了王二起义。

然而，乔应甲的加税决策实为奉朝廷之令。由此可以看出，大明朝末期，包括乔应甲在内的清官，也普遍缺乏体恤民情之心。大明朝或许气数已尽。幸得朱少龙穿越时空，施行改革，挽狂澜于既倒。

朱由校在陕西还没有爆发农民起义之前，罢免了乔应甲的官，下圣旨任命孙传庭为陕西巡抚。后乔应甲因病辞世于1627年，而大明朝得以再获生机。