尽管穆斯林迅速控制了大部分肥沃的土地，但他们仍然是一个明显的少数群体。

基督教社区保持了较大程度的自治，但整个奥斯曼时期都标志着基督教人口从平原迁往山区的现象。

这导致了山中强盗和叛乱者的兴起，同时相应地设立了由政府资助的阿马托洛伊（armatoloi，武装部队）以制止强盗的活动。

随着1683年“伟大的土耳其战争”的爆发，威尼斯在弗朗西斯科·莫罗西尼（Francesco Morosini）指挥下于1687年占领了整个半岛，并在1699年的卡尔洛维茨条约（Treaty of Karlowitz）中得到了奥斯曼帝国的承认。

威尼斯将其省份建立为“伯罗奔尼撒王国”（意大利语：Regno di Morea），但他们的统治并不受欢迎。

当奥斯曼帝国在1715年再次入侵半岛时，大多数当地希腊人对他们表示欢迎。

奥斯曼的再征服过程迅速而容易，威尼斯在1718年的帕萨罗维茨条约（Treaty of Passarowitz）中承认了这一点。

伯罗奔尼撒半岛现在成为了摩里亚艾亚列（Morea Eyalet）的核心，由摩拉维阿利（Mora valesi）领导，直到1780年他是一级帕夏（pasha，拥有三条马尾）并担任维齐尔（vizier）职务。

1780年后直到希腊独立战争，省长由一位穆哈西尔（muhassil）担任。

摩里亚的帕夏由几位下属官员协助，包括一名基督教翻译（dragoman），他是该省的高级基督教官员。

与第一次奥斯曼统治时期一样，摩里亚被划分为22个区或贝伊利克（beyliks）。

首府最初设在纳夫普利翁（Nauplion），但在1786年后迁至特里波利察（Tripolitza）。

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伯罗奔尼撒半岛的希腊人在俄罗斯的支持下于1770年发起了所谓的“奥尔洛夫起义”，但这一行动很快被奥斯曼雇佣的穆斯林阿尔巴尼亚雇佣军迅速而残酷地镇压。

当地希腊人称这些部队为“土耳其-阿尔巴尼亚人”，他们在1769年至1770年期间的起义中也摧毁了埃皮鲁斯（Epirus）许多城市和城镇。

伯罗奔尼撒半岛在随后的几十年里，遭受了来自不规则阿尔巴尼亚帮派的严重侵害，损失远超过其他希腊居住地区。

在帕特雷（Patras），几乎没有人幸存于土耳其-阿尔巴尼亚人的侵略之后。

米斯特拉斯（Mystras）被夷为平地，大主教阿纳尼亚斯（Ananias）尽管在起义中救了几名土耳其人的性命，但仍被处决。

大量当地希腊人被阿尔巴尼亚部队杀害，儿童则被贩卖为奴隶。