就算有正常人察觉到殖民地发生大规模自杀事件和他们挖出来的红色神印有关，也无法对抗飞船上的统一教成员。

所以石村号表面非法采矿，实际是为了运输红色神印，所有人员都算合理损耗。

一番操作下来，睡了200年的主脑醒了，开始控制尸变体袭击人类。

殖民地失守，但还是有幸存者开着紧急航天器带着尸变体进入了“石村号”。

后面就是葫芦娃救爷爷，挨个送了。

纳米机器人在失去自己的医疗官主人后，又认其男友（游戏真主角）为主，之后的剧情便转为男主视角。

2508年，收到“石村号”求救信号的CEC派遣小型搜救船“凯利昂号”前往救援，担心女友的男主随船出发。

经历了一系列利用与背叛后，失去所有队友的男主成功将红色神印送回出生地，并杀死主脑，逃出石村号。

期间，还有一艘被派来处理石村号的勇气号被尸变体袭击，最后撞上石村号。

2509年，男主乘坐的救生艇被找到，他被送往泰坦空间站，接受所谓的治疗，实际被关押在精神病房间，CEC的人试图读取红色神印留在他脑中的信息，用来制造12号神印。

同年，CEC还派遣更大的医疗搜救船“奥班农号”去调查石村号事件，结果失联。

三周后，军方带队登上“奥班农号”，审讯完几个幸存者后，将一切灾难归于某个幸存者发动的恐怖袭击，真相就此掩埋。

2511年，联合政府成功制造12号神印，并开始做实验，不久，统一教就发动袭击，导致实验中的尸变体流入居民区。

被统一教成员放出的男主察觉真相后在联合政府和统一教的共同追捕下成功破坏12号神印，但空间站也发生爆炸。

除了他和新女友，无人生还。

之后三年，两人一直在躲避联合政府和统一教的追捕，因为两人对真相态度不同，最终分道扬镳。