各路诸侯罢兵各自就国，汉王刘邦也前往封国，项羽派了三万人随从前往，楚国和诸侯国中因为敬慕而跟随刘邦的有几万人。项羽麾下郎中韩信在此期间投奔了刘邦，任职连敖，韩信因犯法差点处斩，被夏侯婴救下，推荐给刘邦，刘邦任命韩信为治粟都尉。

此后，韩信多次与萧何交谈，萧何认为韩信非比寻常，刘邦在前往封国时，张良送行到褒中县，建议刘邦说：“大王为何不烧断所经过的栈道，向天下表示不再回来的决心，以此稳住项王的心。”刘邦让张良返回韩国。汉军从杜县往南进入蚀地的山谷中，刘邦依照张良的建议，军队过去以后，栈道就全部烧掉，一来防备诸侯或其他强盗偷袭，二来向项羽表示没有东进之意。到达都城南郑时，将领和士兵有许多人在中途逃跑回去了，士卒们都唱着歌，想东归回乡。

韩信觉得萧何他们已经多次在刘邦面前保荐过他，刘邦依旧没有重用，就也逃跑了，萧何听说韩信逃跑，来不及上报刘邦，就亲自去追赶。有人报告给刘邦说：“丞相萧何逃跑了。”刘邦大发脾气，就像失掉了左右手一样。

过了一两天，萧何回来拜见刘邦，刘邦见到萧何既生气又开心，说道：“你为什么逃跑？”萧何说：“我不敢逃跑，我是去追逃跑的人。”刘邦问他：“你追的是谁？”萧何答道：“韩信。”刘邦听完大骂：“逃走的将领有十多个，也没听说你去追，偏要去追韩信？这是在骗我！”萧何说：“那些将领都容易得到，像是韩信这样当今数一数二的杰出人才，跑了就再也没有第二个了。大王如果只想在汉中郡长久称王，没有韩信也就算了；如果要准备打天下，那除了韩信就没有可以共谋大事的人。就看大王如何打算了。”刘邦说：“我也想东归，怎能长久憋屈在这种地方呢？”萧何说：“大王若打算东出，能重用韩信，他自然会留下；如果不重用他，他终究会离开的。”刘邦说：“我看在你的面子上，让他做个将军。”萧何说：“即使当了将军，还是留不住他。”刘邦说：“那就做大将！”萧何说：“太好了。”

刘邦当下就想叫韩信来拜将，萧何说：“大王一向傲慢无礼，现在任命一位大将，就像是招呼一个小孩一样，这就是造成韩信离去的原因。大王如果诚心拜他做大将，就该选个好日子，自己事先斋戒，搭起一座高坛，按照任命大将的仪式办理，那才行啊！”刘邦答应了。汉军一众将领听说后都暗自高兴，人人都以为自己会被任命为大将，等到举行仪式的时候，才知道是韩信，全军上下都大吃一惊。

刘邦发动还定三秦之战，击退雍王章邯的兵马，一路势如破竹，不到一个月便控制了三秦地区的形势。由于几经战事，秦都咸阳被项羽放火烧了三个月，这时的关中已是满目疮痍，残破不堪，萧何以丞相的身份留守后方，负责收服巴蜀，镇守安抚，发布政令，告谕百姓，为在前方作战的军队供给粮食。

刘邦到达陕县，镇抚关外父老，陆续降服河南国、韩国等地。刘邦由南郑迁都栎阳，修缮河上塞，秦朝原先的皇家动植物园地及水池，也开放给百姓进行耕种。

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刘邦率军东征，趁项羽攻齐之际，汉军打入西楚首都彭城，被项羽回军杀败，军队崩溃逃回荥阳。汉军在荥阳集结，萧何征集关中老弱及尚未成年的人都到军队前线去，韩信也收聚士卒与刘邦会师，刘邦此时又军威重振。与楚军在荥阳南边京索之间交锋，打败了楚军，汉军在道路两侧筑垣墙，通到河边，以运取临河倚山的敖仓粮食。

刘邦返回都城栎阳，立儿子刘盈为王太子，赦免罪人，命令诸侯之子在关中的都集中到栎阳担当近卫。萧何留守关中，侍奉太子刘盈，主理都城栎阳。制定各种法令制度，设立宗庙、社稷、宫殿、县邑，总是先向刘邦上奏报告，刘邦也总是予以批准，准许施行。有时来不及上奏，就根据实际情况用最合适的方式先行办理，等刘邦回来再报告。萧何在关中管理户口，通过水路和陆路转运军粮，供应前方的军队。刘邦在战场上多次损失军队逃散，萧何常常又征发关中的士卒，及时补充汉军的损失，刘邦因此把关中的事务专门委任给萧何。

刘邦与项羽两军在京索之间对峙，刘邦多次派遣使者到关中去慰劳萧何，鲍生对萧何说：“大王在外，风餐露宿，却屡屡派人来慰劳您，这是起了怀疑您的心思。为您着想，您不如把自己子孙兄弟中能够作战的都派到前线军队中去，这样大王一定会更信任您。”于是，萧何听从了他的计策，刘邦大为高兴。

西楚霸王项羽身死，刘邦在泛水北岸称帝，在洛阳南宫大宴群臣，席间询问群臣：“你们都说实话，我为什么能够夺取天下？项羽又为什么会失去天下？”群臣众说不一。刘邦听了之后说：“你们只知其一，不知其二。若论在军帐中制定作战策略，以此决定千里之外的战役胜败，我比不上张子房；镇守国家，安抚百姓，供给粮饷，保证运粮道路不被阻断，我比不上萧何；统率百万大军，开战则必定胜利，攻城就一定占取，我比不上韩信。这三个人都是人中的俊杰，我却能够使用他们，这就是我能够取得天下的原因所在。项羽虽然有一位范增却不能信用，这就是他败在我手上的原因。”因此萧何、张良、韩信三人也被后世称为“汉初三杰”。

其后论功行赏，刘邦认为萧何功劳最大，封他为酂侯，食邑最多。众将不服，争辩说自己在前线卖命征战，萧何只是在后方舞文弄墨，逞口舌之力，不应位居众人之上。刘邦用“功狗功人”来比喻萧何功劳之大，又说：“诸将都是只身追随我，最多再加上两三个亲属，而萧何用整个宗族几十个人都跟随我，他的功劳我是不能忘记的。”群臣听了才不敢再说什么。

等列侯分封完毕，到了排定朝中位次时，群臣都推举曹参说：“平阳侯曹参身受70多处战伤，攻城略地，战功最多，应排第一。”刘邦已经压过众人一次，重封了萧何，对排位次的事就不好再说什么，不过他心里仍然认为萧何应该排在第一位。关内侯鄂君说道：“在楚汉之争中，陛下有好几次都是全军溃败，只身逃脱，全靠萧何从关中派出军队来补充。有时，就是没有陛下的命令，萧何一次也派遣几万人，正好补充了陛下的急需。不仅是士兵，就是军粮也全靠萧何转漕关中，才保证了供应。这些都是创立汉家天下流传后世的大功劳，怎么能把像曹参等人只是一时的战功列在万世之功的前面呢！依臣之见，萧何应排第一，曹参第二。”